1931年5月21日，英国海峡殖民地行政官员约翰·斯科特(John Scott)正式成立农业学校(School of Agriculture)。

1947年6月23日，马来亚联盟总督爱德华·根特(Sir Edward Gent)宣布农业学校升格为马来亚农业学院(College of Agriculture Malaya)。

1960年，马来亚大学旗下的农业系学院(Faculty of Agriculture)正式成立。

1971年10月29日，马来亚大学农业系学院与马来亚农业学院合并成为马来西亚农业大学。

1973年7月23日，马来西亚农业大学正式开课，学生人数共1559名。

1997年4月3日，马来西亚前总理敦马哈蒂尔·穆罕默德(Tun Mahathir Mohammad)将马来西亚大学佩尔塔尼亚分校(Universiti Pertanian Malaysia)更名为马来西亚博特拉大学(Universiti Putra Malaysia)