约克圣约翰大学的历史可追溯于1841年成立的牧师培训学校——约克主教学院，后更名为圣约翰学院。

1846年约克地区的女性教会学校建立，并与1862年迁至里庞。一个世纪之后，两所教会学校与1974年合并更名为圣约翰与里庞学院。

1990年，学校与利兹大学合并，成为利兹大学的一个附属学院，学校保留圣约翰的名称，并向学生授予利兹大学学位。

1999年至2001年间，学校逐渐回迁约克市，并更名为约克圣约翰学院。

2006年2月，学校取得完全且独立的学位授予权，在短暂使用圣约翰大学学院的名称不久后，经枢密院批准，学校于2006年7月正式使用约克圣约翰大学的名称。