如今的曼彻斯特大学由曼彻斯特维多利亚大学和曼彻斯特理工大学合并而成。

曼大的历史最早可追溯到1824年，那年由近代化学之父约翰·道尔顿(JohnDalton)等人创办的曼彻斯特机械学院成立，后发展成为曼彻斯特理工大学。曼彻斯特维多利亚大学始建于1851年，那时称作欧文斯学院，命名来自于纺织商人约翰·欧文斯(JohnOwens)，正是他用96,942英镑创办了这所学院。此后，曼彻斯特欧文斯学院首先发起了“市立大学运动”，并在1880年成为第一批被授予皇家宪章的市立大学。由于这些大学大多有红砖的校园建筑，英国人统称这些大学叫做“红砖大学”(RedBrickUniversity)，全英国仅有6所大学享有这一地位，分别是曼彻斯特大学、布里斯托大学、谢菲尔德大学、伯明翰大学、利兹大学和利物浦大学。她们都是英国最顶尖的老牌名校，这个称谓主要是有别于牛津和剑桥大学。

2004年10月22日，曼彻斯特维多利亚大学与曼彻斯特理工大学合并，从此组成了英国最大的单一校址大学，新的学校被称为曼彻斯特大学。

合并后的曼彻斯特大学的校训是“Cognitio,Sapientia,Humanitas”，英文为“Knowledge,Wisdom,Humanity”，中文意思是“知识，智慧，人性”。

2020年4月2日，与南京大学、新南威尔士大学、爱丁堡大学等高校正式宣布成立国际大学气候联盟。